環境

• CentOS Linux release 7.6.1810 (Core)
• Atom 1.31.2
• atom-runner 2.7.1
  

設定

Atomの設定ファイル(config.cson)にpyenvが指しているpythonのパスを指定する。ホームをチルダで指定したら動かなかったので絶対パスで指定している。

pythonのパス確認

$ which python
~/.pyenv/shims/python

~/.atom/config.csonに追記(“*”: は元からあるのでその下にrunnerからの3行を追記)

"*":
  'runner':
    'scopes':
      'python': '/home/ユーザ名/.pyenv/shims/python'
  以下、元からあった分